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In der amtlichen Biotopkartierung von Bayern werden schutzwürdige, seltene und wertvolle Lebensräume für gefährdete Tiere und Pflanzen erfasst. Die Biotopkartierung hat weder das Ziel noch die rechtlichen Möglichkeiten, naturschutzfachlich wertvolle Flächen unter Schutz zu stellen oder Grundstücksbesitzern bestimmte Bewirtschaftungsweisen vorzuschreiben. Sie stellt lediglich eine Bestandsaufnahme der natürlichen Umgebung dar.

Rechtliche Einschränkungen in den Gebieten können sich ergeben aus

• bestehenden Gesetzen, etwa dem Art. 13d und 13e des Bayerischen Naturschutzgesetzes, die bestimmte Biotoptypen unter besonderen Schutz stellen sowie
  
• Schutzgebietsverordnungen.

In der Biotopkartierung werden sowohl diese geschützten als auch einige im Naturschutzgesetz nicht genannte Biotoptypen erfasst. Die rechtlichen Regelungen sind unabhängig von der Biotopkartierung wirksam. Eine genaue Erfassung der Biotope hat jedoch den Vorteil, ohne zusätzliche Erhebungen vor Ort feststellen zu können, welche Flächen unter diese Bestimmungen oder Verordnungen fallen.